আদালতের নির্ধারিত প্রক্রিয়ার বাইরে গিয়ে স্বল্পতম সময়ে বিরোধ নিষ্পত্তির প্রক্রিয়াকে বিকল্প বিরোধ নিষ্পত্তি (ADR) বলে। এটি বিরোধ নিষ্পত্তির ক্ষেত্রে একটি সামগ্রিক ও বহুপাক্ষিক পর্যালোচনা যাতে ‍উভয়পক্ষ লাভবান হয়ে থাকে। এতে  করদাতারা তাদের মামলার খরচ থেকে রেহাই পেয়ে থাকে তেমনি সরকারও দ্রুত রাজস্ব আদায় করতে সক্ষম হয়। এ প্রক্রিয়ার মাধ্যমে দ্রুত বিরোধ নিষ্পত্তি করা যায়। এতে করদাতা ও সরকার উভয়ই উপকৃত হয়। বিশ্বব্যাপী শুল্ক প্রশাসনে এডিআর পদ্ধতির সাফল্যের ধারাবাহিকতায় ২০১১-১২ অর্থবছর হতে বাংলাদেশের শুল্ক প্রশাসনে এ পদ্ধতি গ্রহণ করা হয়েছে।

আপীল, ট্রাইবুনাল বা মহামান্য হাইকোর্ট/ সুপ্রীম কোর্টে বিচারধীন মামলার ক্ষেত্রে ADR এর মাধ্যমে উক্ত মামলা নিষ্পত্তি করা যায়। জাতীয় রাজস্ব বোর্ড কর্তৃক মনোনীত একজন নিরপেক্ষ সহায়তাকারীর মধ্যস্থতায় করদাতা ও শুল্ক বিভাগের প্রতিনিধিদের মতক্যের ভিত্তিতে চুক্তিপত্র সম্পাদনের মাধ্যমে আবেদন নিষ্পত্তি করা হয়। এক্ষেত্রে মামলাটি যে আপীল কর্তৃপক্ষের নিকট পেন্ডিং আছে উক্ত কর্তৃপক্ষের অনুমতি গ্রহণপূর্বক আবেদনপত্র সংশ্লিষ্ট আপীল কর্তৃপক্ষের নিকট দাখিল করতে হয়। বর্তমানে শুল্ক মামলা এডিআর এ নিষ্পত্তির জন্য ২১ জন সহায়তাকারী রয়েছেন। জাতীয় রাজস্ব বোর্ড তন্মধ্যে কোন  একজনকে একটি মামলার জন্য নিয়োজিত করে থাকে। প্রতিটি আবেদন পত্রের সাথে ৫০০ টাকা মূল্যমানের স্ট্যাম্প এবং বিধি মোতাবেক সার্ভিস চার্জ পে-অর্ডারের প্রদান করতে হবে। এডিআরে মতৈক্য না হওয়ার ক্ষেত্রে করদাতা পূনরায় আপীল প্রক্রিয়ায় ফিরে যেতে পারেন।